接續前作“ 哥吉拉X機械哥吉
拉”的故事，一年 
前與哥 吉拉（ Godz illa ）的決戰，機龍 （
機 械哥吉拉Mechagodzil
la） 受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。　　維修組員中條義人在八
王子基地
負責修復機龍的工作。 某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時，
嬰兒島的小美 人精靈竟然出現在他們眼前。小美人給他們一個忠告：人類用哥吉拉骸骨製造出機龍是個 嚴重的 錯誤，如果出動機龍，摩斯拉就會變成人 類的
敵人。於是信一設法說服 老友也是身為總理
大臣 的五十嵐，希望能中止機龍的計劃。但就在此時，太平洋又出現哥吉拉的影蹤…